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Maladies des poissons en Afrique : un enjeu stratégique pour la sécurité alimentaire, l’emploi et les prix

Chiffres clés (Afrique)

  • ≈ 9,4 kg/hab/an : consommation moyenne d’animaux aquatiques (niveau le plus bas au monde).
  • ~ 2,3 Mt (2022) : production aquacole africaine (tilapia, silure, etc.).
  • > 12 millions : personnes vivent des pêches & de l’aquaculture.
  • 50–80 % : pertes possibles lors de flambées (streptococcoses / ISKNV, selon contextes).
    Sources : FAO (SOFIA 2024) ; rapports Ghana 2018–2019 ; revues scientifiques.

À retenir pour les producteurs

  • Biosécurité d’abord : densités maîtrisées, eau de qualité, nettoyage/désinfection, gestion des mortalités.
  • Diagnostic rapide : alerter un technicien dès les premiers signes, confirmer en labo si possible.
  • Vaccination streptococcoses : à intégrer quand disponible localement (planifier rappels).
  • Antibiotiques : usage raisonné (prescription/conseil), pas de traitements empiriques.
  • Traçabilité : registres d’élevage (lots, dates, interventions, mortalités).

L’aquaculture africaine progresse, mais les épizooties en élevage (streptococcoses, mégalocytivirus/ISKNV, etc.) pèsent sur la production, renchérissent les coûts et fragilisent des millions d’emplois. Alors que la consommation de poissons par habitant reste la plus basse du monde sur le continent, maîtriser la santé halieutique devient un impératif de souveraineté alimentaire.

Pourquoi c’est important

  • Pilier nutritionnel, mais déficit d’accès. En Afrique, la consommation apparente d’animaux aquatiques tourne autour de 9,4 kg/hab/an, plus faible qu’ailleurs, malgré une forte dépendance de nombreux pays aux protéines halieutiques.
  • Dans une partie de l’Afrique de l’Ouest (Gambie, Sierra Leone, Ghana, etc.), le poisson peut dépasser 50–60 % des apports en protéines animales, signe d’une vulnérabilité directe aux chocs sanitaires sur l’offre.
  • Côté production, l’aquaculture africaine a dépassé 2,3 millions de tonnes en 2022 (tilapias, silures africains, carpes, etc.), une base encore modeste face à la demande, donc très sensible à toute perte liée aux maladies.

Quelles maladies pèsent le plus ?

  • Streptococcoses (S. agalactiae, S. iniae). Épisodes aigus pouvant entraîner des mortalités élevées (jusqu’à ~80 % dans certains contextes) et de lourdes pertes économiques pour les élevages de tilapia.
  • ISKNV (Mégalocytivirus). Sur le lac Volta (Ghana), des mortalités massives ont été documentées en 2018–2019 : plus de 50 % des productions perdues sur certaines fermes, jusqu’à 80 % rapportés par d’autres sources, avec suspensions d’activité et licenciements.

Les impacts en chaîne

  1. Offre et prix. Chaque flambée épizootique se traduit par des volumes moindres et une volatilité de prix, dans un contexte où la FAO anticipe déjà un recul relatif de la consommation par habitant en Afrique si la production ne suit pas la croissance démographique.
  2. Emploi et revenus. Les pêcheries et l’aquaculture font vivre > 12 millions de personnes en Afrique (dont de nombreuses femmes dans la transformation). Les maladies entraînent baisses de revenus, arrêts temporaires ou fermetures de fermes.
  3. Nutrition des ménages. Dans les pays où le poisson fournit > 20–50 % des protéines animales, les crises sanitaires aggravent l’insécurité nutritionnelle, surtout en milieux urbains et périurbains qui dépendent d’un approvisionnement régulier.
  4. Risque AMR. L’usage empirique d’antibiotiques pour “éteindre” les flambées (souvent sans diagnostic) alimente la résistance aux antimicrobiens dans les fermes et l’environnement aquatique. Des revues récentes en Afrique signalent des taux élevés de multirésistance chez des bactéries d’aquaculture et un manque de données/contrôle.

Pourquoi le risque augmente-t-il ?

  • Intensification & gestion de l’eau. Densités élevées, stress, variations de température et d’oxygène créent un terrain favorable aux pathogènes.
  • Climat. Les eaux plus chaudes et les extrêmes hydrologiques peuvent accroître l’incidence/sevérité de certaines maladies aquatiques (effets thermiques sur l’immunité des poissons et la dynamique des agents).

Que faire (leviers concrets pour décideurs et producteurs)

  1. Prévention & biosécurité : maîtrise des densités, qualité d’eau, quarantaine, contrôles d’alevins, nettoyage/désinfection, gestion des mortalités. (Bonnes pratiques = premier “vaccin”.)
  2. Diagnostic & surveillance : protocoles de terrain, laboratoires capables de PCR (p. ex. ISKNV), systèmes d’alerte, partage régional des données. (Le Ghana post‑2018 illustre l’importance d’identifier rapidement l’agent causal.)
  3. Vaccination ciblée : des vaccins anti‑streptococcoses existent et réduisent nettement la mortalité quand ils sont intégrés à un protocole de biosécurité et de conduite d’élevage. Mais l’adoption reste très faible en Asie/Afrique (< 1 % des tilapias vaccinés) : enjeu de coûts, logistique et organisation des campagnes.
  4. Bon usage des antimicrobiens (AMS) : diagnostic avant traitement, molécules et doses appropriées, arrêt des usages prophylactiques, encadrement de la vente et formation des détaillants/dépositaires (ex. Ghana).
  5. Filets sociaux & résilience : formations, accès au crédit-assurance, et programmes publics (vaccination collective, amélioration génétique, aliments de qualité) pour amortir les chocs épidémiques.

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Flora J. Ingah