Les scientifiques africains acquièrent de nouvelles compétences grâce aux formations proposées par l’Afrique CDC, allant de l’utilisation des outils de curation du génome pour le dépôt de séquences sur la plateforme de partage et d’archive des pathogènes en Afrique et à l’échelle mondiale, à la compréhension des normes de qualité et des formats de données.
En collaboration avec le National Center for Biotechnology Information (NCBI) et la National Library of Medicine des États-Unis, un atelier s’est tenu du 18 au 20 juin 2024, rassemblant des participants provenant d’institutions de santé publique et de laboratoires dans 20 pays africains.
Cet atelier, intégral à la plateforme de partage et d’archive des pathogènes de l’Afrique CDC, connue sous le nom d’Agari, marque la première initiative de l’Afrique CDC visant à accélérer la vérification et la validation des données avant leur partage pour des usages en santé publique.
Développée en 2023, Agari est une plateforme continentale destinée aux institutions nationales de santé publique, aux laboratoires de référence nationaux et aux établissements de recherche et académiques en Afrique. Elle permet de télécharger, gérer et partager les séquences de pathogènes et les métadonnées associées afin de répondre efficacement aux menaces pour la santé publique dans les États membres de l’Union africaine de manière coordonnée.
Le professeur Alan Christoffels, directeur de l’Institut national de bioinformatique d’Afrique du Sud et conseiller principal en génomique et bioinformatique à l’Afrique CDC, souligne que la curation des données est essentielle au bon fonctionnement d’Agari, garantissant l’exactitude et l’utilisabilité des données de santé publique intégrées dans le système. Il a ajouté que les curateurs de données formés et la formation en curation de données sont rares en Afrique. « Idéalement, nous devrions développer une communauté de curateurs de données en Afrique pour soutenir la reproductibilité des données à des fins de santé publique et de partage des bénéfices », a-t-il déclaré.
Cet atelier constitue le premier pas vers la création d’une telle communauté et le renforcement de la collaboration avec le NCBI. Les participants ont suivi une série de conférences, des sessions pratiques prolongées, exploré les meilleures pratiques en matière de curation de données et d’outils de curation de données en ligne, tout en se familiarisant avec les processus étape par étape de nettoyage, de formatage et de partage des données avec des dépôts nationaux, régionaux et mondiaux.
« Il est incroyable de réaliser que j’ai sous-utilisé les outils disponibles sur la plateforme », a déclaré Olusola Akanbi, experte en maladies infectieuses à la tête de l’unité de génomique du Centre de contrôle et de prévention des maladies du Nigéria à Abuja. Depuis plusieurs années, même en tant qu’étudiante de premier cycle, Olusola, qui a participé à l’atelier et travaille sur le séquençage génomique des pathogènes d’intérêt au Nigéria, utilise la plateforme NCBI. « Un message clé pour nous est que nous collectons de nombreux échantillons sur le terrain, les analysons et les publions, mais nous oublions les métadonnées, ce qui rend nos échantillons ou efforts inutiles, et nous ne pouvons pas lier nos résultats à leur origine », a-t-elle expliqué. Elle a ajouté que la base de données NCBI offre de nombreux outils qui peuvent réduire le temps nécessaire à l’analyse et à la disponibilité des données.
Tholwana Pelokgosi, responsable des données biologiques au Laboratoire public national du Botswana, a déclaré que l’atelier lui a permis d’acquérir des connaissances sur des bases de données NCBI telles que GenBank et PubMed. « Comprendre ces ressources m’aidera à rationaliser la récupération et l’analyse des données », a-t-elle précisé. « Nous avons appris qu’il est crucial de garantir que les données soumises soient de bonne qualité, respectent les normes et formats requis et soient facilement accessibles, assurant ainsi la cohérence et la fiabilité des données pour la communauté scientifique », a-t-elle ajouté.
La création de données génomiques est primordiale pour un petit groupe de recherche en génomique coordonné par Ako Aristide Berenger, chercheur à l’Institut Pasteur en Côte d’Ivoire. L’Institut Pasteur est impliqué dans le séquençage génomique depuis la période COVID-19 en 2021, lorsque de nombreux financements nationaux ont été alloués. Le gouvernement a financé la mise en place d’une plateforme de séquençage à haut débit avec quatre laboratoires, dont celui que Berenger coordonne. « Nous avons pu effectuer des séquençages à haut débit, contribuer à l’analyse de certaines variantes, et nous relèverons maintenant le défi de capitaliser sur tout ce que nous avons réalisé pendant la COVID-19 pour d’autres pathogènes, en particulier la méningite bactérienne et certains microorganismes multi-bactériens », a déclaré Berenger.
« La communauté scientifique doit savoir de quoi nous sommes capables, et c’est là que l’intérêt pour cet atelier se manifeste. Nous avons appris à utiliser des outils de curation du génome pour déposer des séquences, qu’elles soient de type Sanger ou génomique », a-t-il poursuivi. « Nous avons été formés à divers outils et banques de données qui peuvent nous aider à populariser notre travail, et je pense que la contribution de cet atelier sera ressentie à Abidjan. Ayant réalisé le séquençage, nous passons maintenant à l’analyse des données, aux outils web, au partage des données et à la soumission des données pour suivre la révolution scientifique que l’Afrique est en train d’entreprendre », a ajouté Berenger.
« Cette formation nous a été bénéfique », a déclaré Dachel Eyenet, scientifique au Laboratoire national de santé publique du Congo-Brazzaville. Son travail implique la surveillance physiognomique des pathogènes responsables de maladies à potentiel épidémique. « Lorsque nous effectuons notre séquençage, nous le soumettons généralement à GISAID. La formation nous a aidés à comprendre comment créer des projets bio, déposer nos données ou échantillons sur la plateforme NCBI, et soumettre les séquences à la base de données », a-t-il expliqué.
Le Dr Dominique Anderson, chercheuse senior à l’Institut national de bioinformatique d’Afrique du Sud, impliquée dans le biobanking, l’informatique, la qualité des données et la gestion des données, utilise la plateforme NCBI depuis le début de sa carrière scientifique. Elle a noté de nombreuses améliorations dans la base de données NCBI. « C’est formidable d’avoir un rappel et de se mettre à jour sur certaines des nouvelles fonctionnalités intégrées à la base de données », a-t-elle déclaré. Anderson a également acquis des informations sur certains développements en arrière-plan dans les bases de données internationales qu’elle peut appliquer lors de la création de ses propres bases de données. La formation a mis en lumière l’importance de rendre des données de qualité accessibles à la recherche scientifique en Afrique et a offert aux scientifiques africains l’opportunité de se réseauter. « Nous espérons établir des partenariats et travailler sur les métadonnées en fonction de nos besoins », a ajouté Anderson.
Cette formation fait suite aux recommandations du groupe de travail technique sur la curation des données de l’Alliance pour la santé publique et l’épidémiologie génomique (PHA4GE), visant à développer les contrôles de qualité initiaux pour les données à déposer sur Agari et d’autres plateformes. L’équipe était composée de membres de SANBI, PHA4GE, de l’Instituto Nacional de Saúde du Mozambique, de l’Institut Pasteur du Maroc, de l’Institut national de santé publique en Ouganda et de l’Institut Pasteur de Dakar au Sénégal. Ce groupe a également élaboré une procédure opérationnelle standard (SOP) pour normaliser les métadonnées dans Agari et d’autres plateformes, basée sur les travaux réalisés par PHA4GE, une coalition mondiale visant à établir des normes de données. « Cet atelier s’inscrit dans le cadre du plan de l’Afrique CDC – Africa PGI visant à former 100 curateurs de données chaque année pour accélérer et garantir la qualité des données génomiques en Afrique », a déclaré le Dr Harris Onywera, scientifique des données en bioinformatique à l’Afrique CDC.
L’Africa CDC (Centre africain de contrôle et de prévention des maladies) est une institution de santé publique créée par l’Union africaine pour renforcer la capacité des États membres à prévenir, détecter et répondre aux menaces sanitaires. Inauguré en 2017, l’Afrique CDC joue un rôle crucial dans la coordination des efforts de santé publique sur le continent
